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Dentro de los beneficios más destacados de una microbiota saludable se encuentra un adecuado metabolismo de las grasas, un mejor estado de ánimo ya que en el intestino se produce una sustancia esencial como la serotonina, también tiene un papel importante el sistema inmunológico, entre otros.

Existen diversos factores que pueden cambiar o alterar la microbiota como: los antibióticos, el tipo de parto, la lactancia materna, la dieta y el estrés.

El tipo de parto influye, ya que si el bebé nace por vía vaginal va a recibir las bacterias del canal vaginal de la madre, mientras que por la cesárea el ambiente está esterilizado o puede tener bacterias malas.

La lactancia materna, proporciona al bebé nutrientes vivos que ayudan a fortalecer el sistema inmunológico y digestivo, mientras que las fórmulas lácteas no los poseen.

Los antibióticos, si bien poseen un papel fundamental para combatir infecciones ocasionados por microorganismos patógenos, también tienen un efecto de dañar aquellas bacterias que protegen al intestino, por lo tanto, deben utilizarse únicamente si son necesarios, y posteriormente procurar restablecer la microbiota.

La alimentación tiene una relación directa con la modificación de la composición de la microbiota, ya que alimentos altos en fibra y productos fermentados favorecen a las bacterias buenas, mientras que los alimentos altos en azúcares refinados y grasas saturadas, disminuyen la cantidad de bacterias buenas y aumentan las malas, generando un estado inflamatorio en el organismo, que a su vez se pueden presentar como problemas digestivos comunes como la gastritis, colitis, síndrome de intestino irritable (SII), entre otros.

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